Е.М. Кирилин, В.К. Швядас

Исследование спектра конформационных состояний олигосахаридных субстратов нейраминидаз патогенов методами молекулярного моделирования

При комплексном использовании методов молекулярного моделирования и статистической обработки данных проведен анализ спектра конформационных состояний олигосахаридных фрагментов гликановых рецепторов человека LSTa (α-D-Neu5Ac-(2-3)-β-D-Gal-(1-3)-β-D-GlcNAc-(1-3)-β-D-Gal(1-4)-D-Glc) и LSTc(α-D-Neu5Ac-(2-6)-β-D-Gal-(1-3)-β-D-GlcNAc-(1-3)-β-D-Gal(1-4)-D-Glc) в водном растворе, определены основные и минорные структуры, а также выделены наиболее значимые топологии. Для кольца сиалового остатка каждого из пентасахаридов построена и проанализирована поверхность свободной энергии конформационных переходов, определен перечень наиболее вероятных в растворе искаженных структур, отличных от основного состояния лодки ¹С₄. Полученные результаты хорошо согласуются с данными экспериментального изучения с использованием спектроскопии ядерного магнитного резонанса и рентгеноструктурной кристаллографии.
Ключевые слова: конформации сиалогликанов, молекулярное моделирование, метадинамика.

  Полный текст статьи в формате PDF

Вестник Московского Университета.
Химия 2018, том 59, № 2, стр. 117-124